吉炳轩表示，检查发现，农产品产地环境保护力度加大，监管责任落实力度不断加强；各级政府重视程度明显提升，已有18个省份出台了地方性法规。近年来，我国未发生重大农产品质量安全事件，主要农产品监测合格率保持在96%以上，2017年达到97.8%,2018年上半年达到98.1%。不过，检查中也发现了六方面问题。
长期以来，我国农业的工作着力点主要放在保证农产品数量上,对质量安全的关注度不够，在生产、流通等环节都存在风险隐患,农产品质量安全事件时有发生。
他举例说，2018年上半年，网络上先后出现“吃草莓容易感染诺如病毒”、“喝茶等于喝农药”等多组谣言，使得一些消费者无所适从。2015年爆出的“毒草莓”谣言致使当年全国多个地方草莓滞销。北京昌平草莓温室大棚草莓日销量下降了82%,二周时间便损失了2600余万元。
检查中发现,各地对农产品生产环境安全把关不严。“一方面，一些地区特别是重金属矿区周边耕地内源性重金属污染问题突出,社会反映强烈；另一方面，工业"三废"和城市生活垃圾等外源污染不断向农业农村扩散,加剧了土壤污染”。
当前，假冒伪劣产品坑农害农事件仍时有发生,虚假宣传等新型诈骗手段层出不穷。非法添加隐性成分问题严重，我国农作物亩均化肥用量21.9公斤，远高于亩均8公斤的世界平均水平。
他举例说，2017年8月,山东省寿光市发生的“毒大葱”事件就直接反映出执法监督存在空白、产地准出和市场准入缺乏衔接等问题。
缺乏统一的发展规划，低水平重复建设情况比较普遍。
目前仍有近百种农药、几十种兽药未制定残留限量标准，小作物、水产品及小动物的农兽药残留限量标准缺乏，四分之三以上农药在农产品中的残留监管缺乏统一的国家和行业标准。还有一部分农兽药虽然规定了限量值,但相应的检测方法还不完全配套。
一些地区特别是重金属矿区周边耕地内源性重金属污染问题突出，社会反映强烈。《财新周刊》曾发表数篇深度调查，并持续追踪当地尾矿治理、土壤污染修复等情况。比如湖南省花垣县血铅事件、江西省九江市镉米事件、河南省新乡市镉麦事件。
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2018年1月发表的《湖南尾矿遗祸》则揭示出，湘西花垣在开矿30年后仍为深度贫困县，野蛮生长的有色金属开采和粗加工业没能让当地百姓脱贫致富，却留下了积重难返的尾矿污染。
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2018年4月发表的《九江尾矿治理无人埋单》，记录了江西省九江市港口街镇近50年的铜硫矿矿山污染，一朝爆发镉米危机，各方为是否永久闭矿头疼，更陷入无人为污染治理埋单的困局。
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2017年6月发表的《新乡镉麦调查》，记录了河南省新乡市凤泉区块村营的土壤污染和镉麦问题。那里曾是中国最集中的镍镉电池材料作坊集中地。电池厂倒闭、转产，当年粗放发展造成的土地污染，像一条疤痕长久地遗留下来。
吉炳轩还指出，工业“三废”和城市生活垃圾等外源污染不断向农业农村扩散，加剧了土壤污染。当前我国中度和重度污染土壤约占2.6%，轻微污染约占11%，耕地中度和重度污染占2.9%，且部分地区污染速度仍在加快。根据环保部与国土资源部2014年4月公布的《全国土壤污染状况调查公报》，中国耕地污染超标率为19.4%。
但吉炳轩认为，受污染耕地底数不清，2014年公布的全国土壤污染状况调查结果为点位超标率，具体受污染耕地的分布和面积均不清楚，导致各地对受污染耕地安全利用、严格管控和治理修复任务难以分解和落地。
他还提出，我国部分城市排污口设置不合法、污水管网不配套、雨污分流不到位、污水处理能力不足等现象普遍，全国二分之一以上的园区依托城镇污水处理厂处理工业废水，不少园区存在“散乱污”企业，严重影响周边农用地质量。农业面源污染和污灌区土壤污染也很严重。
在农产品本身的质量安全方面，报告指出，长期以来，我国农业的工作着力点主要放在保证农产品数量上，对质量安全的关注度不够，在生产、流通等环节都存在风险隐患，农产品质量安全事件时有发生。当前我国农产品流通格局呈“买全国、卖全国”的状况，活鸡、活猪、活鱼等长途贩运、现宰现吃，导致运输途中非法添加、疫病传播，加大了质量安全风险；
农贸市场等仍是农产品主要销售场所，散装农产品标签不规范、进销台账不规范不齐全比较普遍，对流动摊贩缺乏监管。除确保农产品质量安全的基础薄弱、农产品产地环境污染形势严峻之外，吉炳轩还在会上总结了我国农产品质量安全面临的其他问题，包括农业投入品使用管理还很不规范、监管体制机制还有待进一步完善、监管执法工作仍然存在薄弱环节、农产品质量安全的法治建设亟需加强等。
吉炳轩也代表全国人大常委会执法检查组提出了五点建议：
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一、需要进一步增强全社会农产品质量安全意识；
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二、需要切实做好现代农业建设的基础性工作；
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三、需要切实抓好农产品产销全程依法严格管理；
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四、需要抓紧抓好各级监管体系建设；
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五、需要适时修订和完善农产品质量安全法律法规。
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